Frank Mauer commence sa carrière chez les Aiglons de Mannheim dans le championnat allemand junior, avec qui il remporte trois fois le titre de champion. Après avoir durant la saison 2005-2006 du championnat junior marqué 44 buts et fait 48 assistances[1], il obtient pour la saison 2006-2007 pour jouer à la fois avec les Alder Mannheim en DEL et avec le club-école, les Heilbronner Falken, en 2. Bundesliga, avec qui il joue principalement. Le , Mauer fait ses débuts en DEL.