Ingénieur en informatique et cadre dans le groupe pétrolier Total, il crée en 1985 La Table de Cana, une association de bénévoles qui a pour but de fournir du travail aux personnes sans-abri. Aujourd'hui, La Table de Cana est un réseau national de onze entreprises, traiteurs ou restaurateurs, au service de l'insertion par le travail.
Franck Chaigneau a été ensuite aumônier de prison à Paris.