1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 14 janvier 2017
Francisco Júnior joue ensuite deux matchs amicaux avec les espoirs portugais : le 15 octobre 2012 face à l'Ukraine (défaite 0-1), puis le 25 mars 2013 contre l'Irlande, lors duquel il marque un but (victoire 2-1)[1].