Adolescent, il est membre et donc élève du chœur de la cathédrale de Séville, et étudie également la musique auprès de son frère Pierre (également membre du chœur), du maître de chapelle de cette cathédrale Fernández de Castilleja et de son élève Cristóbal de Morales, tous chantres/choristes et compositeurs en lien avec cette cathédrale. En 1546, âgé de dix-sept ans, il est nommé maître de chapelle de la cathédrale de Jaén. Avant qu'il n'atteigne trente ans, il jouit déjà d'une réputation exceptionnelle, et certaines de ses œuvres sont publiées à l'étranger. Il travaille par la suite dans le chœur de la cathédrale de Séville. Il effectue de nombreux voyages à travers l'Espagne et le Portugal, au service de l'empereur Maximilien II, et passe une année en Italie (1581-1582). Au cours d'un voyage en Terre Sainte en 1588, il est capturé par des pirates pendant le voyage de retour, avant d'être libéré moyennant rançon. Il racontera son aventure dans un ouvrage qui connaîtra un grand succès à l'époque, El viage de Hierusalem (Le voyage de Jérusalem), publié en 1590. Endetté, il est emprisonné. Puis, le chœur de la cathédrale de Séville fait à nouveau appel à lui, et le nomme maître de chapelle. Il meurt à Séville au cours de l'épidémie de peste de 1599.
Guerrero a séjourné moins longtemps en Italie que Victoria et Morales. Il a également composé des œuvres profanes en plus grande proportion que ces derniers. Il s'en distingue également par une abondante œuvre instrumentale, en plus d'un nombre considérable d'œuvres vocales sacrées. Comme ses contemporains espagnols, il préfère les textures homophoniques, avec une voix dominante et d'autres qui lui sont subordonnées. Il anticipe l'harmonie fonctionnelle. Ainsi, l'un de ses Magnificat, dont la partition anonyme a été trouvée à Lima, a longtemps été considérée comme une œuvre du XVIIIe siècle.
Il a composé dix-neuf messes et cent cinquante pièces liturgiques diverses (motets, psaumes, vêpres), ainsi que des chants sacrés et profanes.
Œuvres
Messes
Batalle Escoutez
Beata mater
Congratulamini mihi
De Beata Virgine (deux versions)
Dormendo un giorno
Ecce sacerdos magnus
In te Domine speravi
Inter vestibulum
Iste Sanctus
L'homme armé (deux versions)
Pro defunctis
Puer qui natus
Saeculorum amen
Sancta et immaculata virginitas
Simile est regnum caelorum
Super flumina Babylonis
Surge propera
Motets
Accepit Jesus panes
Alma Redemptoris mater
Ambulans Jesus
Ascendens Christus
Ave Maria (deux versions, à 4 et 8 voix)
Ave Regina caelorum
Ave Virgo sanctissima
Beata Dei Genitrix Maria
Beatus Achacius
Beatus es (deux versions)
Beatus Johannes
Canite tuba
Cantate Domino
Caro mea
Clamabat autem mulier
Conceptio tua
Cum audisset Johannes
Cum turba plurima
Dedisti Domine (deux versions)
Dicebat Jesus
Dixit Dominus Petro
Ductum est Jesus (deux versions, à 4 et 5 voix)
Dulcissima Maria
Dum aurora
Dum complerentur dies Penthecostes
Dum esset Rex
Duo Seraphim
Ecce accendimus Hierosolimam
Ecce nunc tempus
Ego flos campi
Ego vox clamans
Elisabeth Zachariae
Erunt signa in sole
Et post dies sex
Exaltata est
Gabriel Archangelus
Gaude Barbara
Gaudent in caelis
Gloria et honore
Gloriose confessor Domini (deux versions)
Hei mihi Domine
Hic est discipulus
Hic vir
Hoc enim bonus est
Hoc est praeceptum meum
Ibant Apostoli
In conspectu Angelorum
In illo tempore, assumpsit Iesus
In illo tempore cum sublevasset
In illo tempore, erat Dominus Iesus (deux versions)
In passione positus Iesus
Inter vestibulum
Iste Sanctus
Istorum est enim
Laudate Dominum
Magne pater Augustine
Maria Magdalena
O altitudo divitiarum
O crux benedicta
O crux splendidior
O Doctor optime
O Domine Iesu Christe (deux versions)
O Gloriosa Dei Genitrix
O Sacrum Convivium
O Virgo Benedicta
Pastores loquebantur
Pater Noster (deux versions : à 4 et 8 voix)
Peccantem me quotidie
Petre, ego pro te rogavi
Per signum Crucis
Pie pater Hieronyme
Post dies octo
Prudentes virgines
Quae est ista
Quasi cedrus
Quasi stella matutina
Quis vestrum
Quomodo cantabimus
Recordare Domine
Regina caeli (deux versions : à 4 et 8 voix)
Trahe me post te
Hymnes
Ad caenam agni providi
Aurea luce
Ave maris stella
Christe redemptor omnium (deux versions)
Conditor alme siderum
Deus tuorum militum
Exultet caelum laudibus
Hostis Herodes impie
Iste confessor
Jesu corona virginum
Jesu nostra redemptio
Lauda mater ecclesia
O lux beata trinitas
Pange lingua
Quicumque Christum quaeritis
Sanctorum meritis
Te Deum laudamus
Tibi Christi splendor Patris
Tristes erant apostoli
Urbs Jerusalem beata
Ut queant laxis
Veni creator spiritus
Vexilla regis prodeunt
Magnificats
Deux magnificats sur chacun des huit tons, soit seize en tout.
El viage de Jerusalem (Voyage à Jérusalem - Introduction, notes et traduction par Oliver Trachier), Éditions Jérôme Millon, Grenoble 1997 (ISBN978-2-84137-057-3) [extrait en ligne]
