L'Œuvre de Luc. Études d'exégèse et de théologie, Paris, Cerf, coll. « Lectio divina », 1987 ;
Nouvel âge et foi chrétienne. Un dialogue critique à partir du Nouveau Testament, Aubonne, Éditions du Moulin, 1992 ;
Révélations et écritures. Nouveau Testament et littérature apocryphe chrétienne (recueil d'articles), Genève, Labor et Fides, coll. « Le Monde de la Bible, 26 », 1993 (ISBN2-8309-0688-8) ;
Avec Frédéric Amsler et Bertrand Bouvier (éd.), Actes de l'apôtre Philippe, Turnhout, Brepols, coll. « Apocryphes, 8 », 1996 – « Actes de Philippe », dans François Bovon et Pierre Geoltrain (dir.), Écrits apocryphes chrétiens, I, Paris, Gallimard, coll. « La Pléiade, 442 », 1997, p. 1179-1320 – Acta Philippi, Textus, Bruxelles, Brepols, coll. « Corpus christianorum. Series Apocryphorum, 11 », 1999 (ISBN2-503-41111-8) ;
Les Derniers Jours de Jésus, Genève, Labor et Fides, coll. « Essais bibliques », 2004 (ISBN2-8309-1116-4) ;
Avec Bertrand Bouvier, « Étienne le premier martyr. Du livre canonique au récit apocryphe », dans Cilliers Breytenbach et Jens Schröter (dir.), Die Apostelgeschichte und die hellenistische Geschichtsschreibung. Festschrift für Eckhard Plümacher zu seinem 65. Geburtstag, Leiden, Brill, coll. « Ancient Judaism & Early Christianity, 57 », 2004, p. 309-331 ;
Avec Bertrand Bouvier (éd.), « Prière et Apocalypse de Paul. Un fragment grec inédit conservé au Sinaï », dans Apocrypha. International Journal of Apocryphal Literatures, n° 15, Turnhout, Brepols, 2004, p. 9-30 ;
Luc le théologien, Genève, Labor et Fides, coll. « Le Monde de la Bible », 2006 ;
Avec Bertrand Bouvier (éd.), « Un fragment grec inédit des Actes de Pierre ? », dans Apocrypha. International Journal of Apocryphal Literatures, n° 17, Turnhout, Brepols, 2006, p. 9-54 ;
L'Évangile selon saint Luc, 1-9, L'Évangile selon saint Luc, 9,51-14,35, L'Évangile selon saint Luc, 15,1-19,27, L'Évangile selon saint Luc, 19,28-24,53, Genève, Labor et Fides, coll. « Commentaire du Nouveau Testament », 2007-2011 ;
Avec Bertrand Bouvier, « La Révélation d'Étienne ou l'Invention des reliques d’Étienne, le saint premier martyr. Sinaiticus Græcus, 493 », dans Albert Frey et Rémi Gounelle (dir.), Poussières de christianisme et de judaïsme antiques. Mélanges Jean-Daniel Kaestli et Éric Junod, Lausanne, Éditions du Zèbre, coll. « Publications de l'Institut romand des sciences bibliques, 5 », 2007, p. 79-105.