Il poursuit sa carrière de professeur à l'École Normale Supérieure Égyptienne, à partir de 1919 et jusqu'en 1924[3]. Il s'installe définitivement au Maroc après des séjours à Paris, Alep, Fez, Marrakech et en Inde (1944-1946). À Rabat, il participe au cercle intellectuel des Amis des Arts et des Lettres avec Henri Bosco et Gabriel Germain.
De 1923 à 1930, il collabore à la revue Europe, où il est considéré comme le principal témoin du monde musulman[4].
En 2015 les Éditions Africorient, à Casablanca, ont republié l'Âme marocaine de François Bonjean, dans la collection Maroc, créée et dirigée par le journaliste Péroncel-Hugoz. Cette réédition, avec les dessins originaux d'Edy Legrand, comprend aussi des textes inédits de Jean-Pierre Luccioni, docteur en littérature maghrébine et ancien professeur de lettres au lycée Hassan-II (ex. Gouraud) à Rabat.
Un important fonds sur François Bonjean est conservé à la médiathèque de Chambéry.
Œuvres
Histoire de douze heures, préface de Romain Rolland, Rieder, 1921
L'Histoire de Mansour, enfant du pays d'Égypte composée de 3 volumes : Mansour, histoire d'un enfant du pays d’Égypte, Paris, Rieder, 1924 (avec Ahmed Deïf) ; El Azhar, Paris, Rider, 1927 (en collaboration avec Ahmed Deïf) et Cheikh Abdou l’Égyptien, Paris, Rieder, 1929 (prix de La Renaissance 1930[5].)
Confidences d'une fille de la nuit, Alger, Baconnier, 1939. Réédité dans l'anthologie Maroc, les villes impériales réunie par Guy Dugas, Paris, Omnibus, 1996.
Reine Iza amoureuse, Genève-Paris-Montréal, Éditions du Milieu du Monde, 1947.
L'Âme marocaine vue à travers les croyances et la politesse, Draeger frères, 1948. Réédité en 2015 chez Africorient à Casablanca, Maroc. (ISBN9789954630518).
Au Maroc en roulotte, Paris, Hachette, 1950
Contes de Lalla Touria, oiseau Jaune et oiseau vert, Casablanca, Atlantides-Plon, 1952
Yamna, Blainville-sur-mer, L'Amitié par le livre, 1969
Choix de poèmes, Pessac, Association des Amis de François Bonjean, 1965 (posthume)
Notes et réflexions, Pessac, Association des Amis de François Bonjean, 1968 (posthume)
Le Maroc. Courrier postal 1912-1956, Paris-Méditerranée, 2004
Sur François Bonjean
Gaston Roger, François Bonjean, témoin de l'Islam, Association des amis de François Bonjean, 1961
Philippe Niogret, La revue Europe et les romans de l'entre-deux-guerres 1923-1939, L'Harmattan, 2004, p. 85-99
Daniel Lançon, « Une controverse exemplaire en francophonie d’Égypte : François Bonjean et Ahmed Deif (1926-1930), dans Enseigner la francophonie, János Riesz et Véronique Porra (dir), Brême, Palabre éditions, collection « Études francophones de Bayreuth », 2002, p. 137-152
↑L'Impasse, paru en 1921 sous le titre Histoire de douze heures avec une préface de Romain Rolland.
↑« Il y vécut comme un frère, de la vie même du peuple égyptien pour lequel il eut une sympathie totale, il s'y imprégna de l'âme, de la culture, des croyances, des mœurs et des traditions musulmanes » (Elo Barel, in Europe, no 423-424, juillet-août 1964, p. 314)
↑Philippe Niogret, La revue Europe et les romans de l'entre-deux-guerres, L'Harmattan, 2004, p. 85.
↑« François Bonjean prix de la Renaissance », La Renaissance politique, littéraire, artistique, , p. 4 (lire en ligne, consulté le ).