En 2004, après 187 matchs sous le maillot bleu, il rejoint le Montpellier Hérault, alors en Ligue 2. Il y joue trois saisons avant de prendre sa retraite sportive à l'été 2007.
Au total, il dispute 218 matchs en Division 1 et 120 matchs en Division 2.
Le 14 Novembre 2022, Frédéric Mendy revient au club[2], cette fois-ci pour s'occuper de l'équipe masculine en qualité d'entraîneur adjoint de Romain Pitau, récemment nommé entraîneur principal[3]. Il est mis à pied le 7 février 2023 par le club avec Romain Pitau et Pascal Baills pour les mauvais résultats du club.