Si Estrées commande effectivement la flotte lors des batailles du règne de Louis XIV, ses successeurs sont trop âgés pour ne servir en mer. Le commandement effectif des escadres est confié pendant la majeure partie du XVIIIe siècle aux lieutenants généraux des armées navales.
La marine apparaît dans les attributions des secrétaires d’État en 1626, l’année même où Richelieu est nommé grand maître de la navigation. Les deux flottes sont réunies en 1642, puis dissociées à nouveau en 1661. Les deux marines sont attribuées à Colbert dès 1662, alors qu'il est intendant des finances et ministre d’État, puis secrétaire d’État en 1669[2]. Il y a ensuite un secrétaire d’État chargé de la marine jusqu’à la Révolution française.
Le secrétaire d'État à la Marine est responsable administratif des marines militaire (la marine royale) et civile (la marine marchande) françaises. Il a dans son département, outre les flottes de guerre et de commerce, les ports et les arsenaux, les consulats, les colonies et la tutelle des compagnies de commerce.
Aux deux bureaux d’origine, bureau du Ponant et bureau du Levant, s’ajoutent progressivement d’autres services :
Olivier Chaline, La mer et la France : Quand les Bourbons voulaient dominer les océans, Paris, Flammarion, coll. « Au fil de l’histoire », , 560 p. (ISBN978-2-08-133327-7)
Michel Vergé-Franceschi, La marine française au XVIIIe siècle : guerres, administration, exploration, Paris, éditions SEDES, coll. « Regards sur l'histoire », , 451 p. (ISBN2-7181-9503-7).
Patrick Villiers, Jean-Pierre Duteil et Robert Muchembled (dir.), L'Europe, la mer et les colonies : XVIIe – XVIIIe siècle, Paris, Hachette supérieur, coll. « Carré histoire », , 255 p. (ISBN2-01-145196-5)