Dans les années 2000, il joue au VK Partizan de Belgrade, champion de Serbie de 2007 à 2009. Il passe au club italien Pro Recco au début de la saison 2009-2010 contre une prime de transfert de cent mille euros[1].
La Fédération Internationale de Natation Amateur FINA, a élu le membre de la sélection serbe Filip Filipovic le meilleur poloïste en 2011. L’élection a été organisée par le magazine mondial FINA Aquatics, et la décision a été adoptée sur la base des voix des experts de water-polo, des préposés aux sports et des représentants des médias. Filipovic a remporté en 2011 avec la sélection serbe la Ligue mondiale et la médaille d’argent au Championnat du monde à Shanghai. A la même compétition il a été proclamé joueur le plus utile.
Après avoir remporté deux médailles de bronze, Filipović se présente au tournoi olympique masculin de Rio de Janeiro comme le meneur d'une équipe serbe favorite de la compétition après avoir remporté les championnats du monde l’année précédente. Meilleur marqueur de son équipe, il est désigné meilleur joueur du tournoi olympique après la victoire des Serbes en finale contre les tenants du titre croates sur le score de 11 buts à 7[3]. Filip Filipović marque deux buts lors de cette finale[4].
Le , il est nommé porte-drapeau de la délégation serbe aux Jeux olympiques d'été de 2020 par le Comité olympique serbe, conjointement avec la joueuse de basket-ball Sonja Vasić[5]. En quarts de finale du tournoi olympique masculin de Tokyo, Filip Filipović inscrit trois buts dans la victoire 10 à 6 de la Serbie et atteint la barre des 50 buts marqués aux Jeux olympiques[6]. En demi-finale, Filipović inscrit le but décisif à 26 secondes de la fin du match pour donner l’avantage à la Servie sur l'Espagne[7]. À 34 ans, il déclare sa retraite internationale après une victoire 13 à 10 contre la Grèce en finale, remportant son deuxième titre olympique consécutif[7]. Avec 16 buts en 27 tirs et dix contres, Filip Filipović est à nouveau désigné meilleur joueur du tournoi[8]. En fin d'année, Filipović est désigné meilleur joueur de l’année 2021 par la FINA lors d'un gala organisé à Abou Dabi[8].
Le double champion olympique rejoint l'Olympiakós, club grec entraîné par le Serbe Thodoris Vlachos(en), et remporte le championnat dès sa première saison, marquant quatre buts dans le dernier match de la finale[9].
Palmarès international
De ses débuts au niveau international à 2006, Filip Filipović joue pour l'équipe de Serbie-et-Monténégro. Depuis et la séparation du Monténégro, il évolue dans l'équipe de Serbie. Son palmarès comprend de multiples médailles internationales :