Le , à 33 ans, il est nommé secrétaire d'État, chargé du Développement régional auprès du ministre de l'Administration interne Eduardo Pereira dans le gouvernement de grande coalition dirigé par le socialiste Mário Soares.
Avec la chute de l'exécutif, de nouvelles élections sont convoquées le . Elles débouchent sur une majorité absolue du PPD/PSD. Le 17 août, Fernando Nogueira est choisi par le Premier ministre comme ministre de la Présidence et ministre de la Justice. Il devient ministre de la Défense nationale le et abandonne le portefeuille de la Justice.
À l'occasion des élections législatives du 6 octobre 1991, il est placé en tête de la liste libérale dans le district de Porto, où il remporte 21 parlementaires sur 37. Il est alors reconduit dans l'ensemble de ses fonctions gouvernementales le 31 octobre suivant.
Un président du PSD marqué par les échecs
Une élection serrée
Au XVIIe congrès national du Parti social-démocrate, qui se déroule à Lisbonne, il se présente à la succession de Cavaco Silva.
Représentant de la « vieille garde », du courant rural et conservateur, présentant l'image d'un homme d'appareil, il est élu président du PPD/PSD le par 519 voix, contre 486 au ministre des Affaires étrangères José Manuel Durão Barroso, perçu comme plus libéral[1].
Il marque sa différence avec son prédécesseur en affirmant que « l'économie est la priorité des priorités, mais elle ne constitue pas un objectif en soi : elle doit être un instrument du bien-être, de la joie et de la qualité de vie des personnes », annonçant un virage à gauche du projet politique[2].
À peine deux jours après la présidentielle, Fernando Nogueira annonce sa démission surprise lors d'une conférence de presse et convoque un congrès extraordinaire[5]. Il renonce à son mandat parlementaire au mois d'avril et quitte la vie politique. Il rejoint alors le secteur privé.
