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Naturalisé citoyen espagnol le 20 octobre 1905, il devient infant d'Espagne. Le 12 janvier 1906 à Madrid, il épouse sa cousine germaine Marie-Thérèse de Bourbon (12 novembre 1882 - 23 septembre 1912), fille du roi Alphonse XII d'Espagne et de Marie-Christine d'Autriche. Veuf, il se remarie le 1er octobre 1914 à Fontarabie avec Maria Luisa de Silva y Fernández de Henestrasa, première duchesse de Talavera de la Reina (1870-1955). Il renonce alors à ses droits d'agnat à la couronne de Bavière mais il conserve ses titres, rang et armes personnelles.
Joseph-Eugène (1909-1966), infant d'Espagne, qui épouse en 1933, Maria de la Asunción de Messía y de Lesseps, comtesse d'Odiel (1911-2005) dont naissent :