Une légende rapporterait que le nom Farafangana vient du mot « farany » qui signifie fin ou dernier, et du mot « fiangana » qui signifie origine ou marche, d'où le mot Farafangana signifie : « dernier chemin » ou « fin du chemin » ou « dernier origine » par référence au fait que les peuples originaires de Farafangana, les "Antefasy", ont dû faire presque le tour de Madagascar avant de s'y arrêter alors qu'ils jugeaient être le bon endroit pour vivre dans les royaumes des Rabakara.
Le 9 janvier 1912 le navire "Vaucluse", chargé d'une mission hydrographique visant à déterminer où se situait une passe dans les récifs pour accéder au port de Farafangana, perdit en mer une baleinière qui effectuait des sondages de profondeur et l'ensemble de ses membres dont l'enseigne de vaisseau, un quartier-maître et un matelot français ainsi que six "indigènes" [eux non identifiés...].
Un "monument élevé par souscription publique" est toujours visible face à la mer.
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