Au fil de ses publications il devient un spécialiste reconnu des coléoptères aquatiques. Son ouvrage classique Les Hydrocanthares de France remporte en 1932 le prix Dollfus de la Société entomologique de France.
Membre fondateur de la Société d'étude des Sciences naturelles de Vaucluse, il en exerce la présidence pendant presque 31 ans entre 1929 et 1950.
Auteur de 188 articles, dont 3 monographies de référence, Félix Guignot a décrit 514 nouvelles espèces. Sa collection entomologique se trouve maintenant au Muséum national d'histoire naturelle de Paris.
Le genre Guignotus de l'ordre des coléoptères est nommé en son honneur.
