Pendant la période communiste, les Églises protestantes (luthériennes, réformées et unies), majoritaires en RDA furent dans une situation très difficile, obligées de dialoguer avec le pouvoir qui les contrôlaient. La Stasi recrutaient aussi des indicateurs parmi les membres des Églises protestantes.
Ce sont pourtant ces églises, notamment celles de Leipzig, Dresde et Berlin-Est, qui seront en partie le « fer de lance » du mouvement de contestation qui entraîneront la chute du mur de Berlin en et à la réunification allemande en 1990.
En , les Églises membres du BEK rejoignent de nouveau l'EKD.
