En juillet 2001, il est transféré à la Fiorentina pour un montant avoisinant les 5 M$. Son passage en Italie reste toutefois un échec et le joueur doit se résoudre à quitter le Calcio après seulement une saison et 1/2.
Retour en Argentine
En janvier2003, il est prêté pour six mois au Boca Juniors de Carlos Bianchi. Avec les xeneizes, Ezequiel remporte la Copa Libertadores 2003, après avoir notamment inscrit un but face à l'Independiente Medellín lors de la première phase. Il ne parvient malgré tout pas à convaincre ses dirigeants et quitte Boca à la fin de la saison.
Deuxième passage à Rosario
En août 2003, Ezequiel González est prêté pour 6 mois à son club de cœur : Rosario Central où l'entraîneur de ses débuts en première division, Miguel Ángel Russo, le voulait pour l'équipe qu'il était en train de monter. Aux côtés de Gustavo Barros Schelotto, Mariano Herrón et Pablo Sánchez il forme un milieu de terrain très offensif et obtient la 4e place du tournoi d'ouverture 2003. Alors qu'il effectue toute la préparation avec Rosario, il ne parvient pas à trouver un accord contractuel avec Pablo Scarabino, l'ex président du club et décide de s'engager avec les grecs du Panathinaikos.
Ses années grecques
En janvier2004, Ezequiel signe un contrat de deux ans et demi avec le Panathinaikos, et met ainsi un terme à son contrat avec les italiens de la Fiorentina. Avec le club athénien, il réalise le doublé Coupe-championnat lors de la saison 2003-2004. En 2006, il est victime d'une rupture des ligaments croisés qui l'empêche de jouer durant neuf mois.
Troisième passage à Rosario Central
En juillet2008, L'argentin quitte la Grèce et s'engage pour la troisième fois de sa carrière avec Rosario Central pour une saison, le temps de disputer les tournois d'ouverture 2008 et de fermeture 2009.
Fluminense
Libre de tout contrat, il choisit de s'engager avec le club brésilien de Fluminense avec qui, en dépit d'un temps de jeu réduit, il remporte le championnat du Brésil.
