Il a écrit plus de 20 ouvrages consacrés aux diptères, tant spécialisés que de vulgarisation et plusieurs centaines d'articles scientifiques. Il est aussi connu des micrographes par des manuels de microscopie qui, bien qu'anciens, restent utiles aux amateurs[2].
Ses planches d'entomologie ont été rééditées, accompagnées d'une biographie par Jean Paul Haenni, à l'occasion d'une exposition intitulée « Mouches » au muséum de Neuchâtel en 2004-2005[3],[4].
Liste partielle des publications
1925 : Faune de France. Diptères Nématocères: Ptychopteridae à Phlebotominae, 109 p., 179 fig.
1926 : Faune de France. Diptères Brachycères.Stratiomyidae à Omphralidae, 308 p., 685 fig.
1927 : Faune de France. Diptères Brachycères.Asilidae, 190 p., 384 fig.
1934 : Faune de France. Diptères Nématocères. Acalyptratae et Scatophagydae
1940 : Faune de France. Diptères Nématocères. Fungivoridae à Blepharocidae
1938 : La Vie des Mouches et des Moustiques, Delagrave
1951 : Les Diptères de France, collection Nouvel atlas d'entomologie, n°8, fasc 1,2,2 N, Boubée (Paris).
1951 : Ordre des Diptères in: Grassé P.P. Traité de Zoologie Tome X, premier fascicule, Masson
↑ a et b« Notre cher Séguy, la vie et l'œuvre du diptériste Eugène Séguy (1890-1985) » de Claude Dupuis & Loïc Matile dans Annales de la Société entomologique de France, Société entomologique de France (Paris), Juillet 1990, Bibliothèque du Muséum national d'histoire naturelle de Paris, Lire en ligne.
(fr) « Hommage à Eugène Séguy (1890-1985) », Annales de la Société entomologique de France, Nouvelle série, Volume 26, numéro 3, Pages 266-350, Juillet- (Lire en ligne)
(fr + en) Les mouches = Flies / planches d’Eugène Séguy. Précédé de : Eugène Séguy (1890-1985), une vie consacrée aux Diptères = Eugène Séguy (1890-1985), a life devoted to diptera / [texte de] Jean-Paul Haenni. - Neuchâtel : Muséum d’histoire naturelle, 2004. - 62 p