Ouverte dans les années 1920 avec le club, elle est la plus titrée des équipes du championnat de Grèce de water-polo masculin avec trente huit titres (un non officiel) masculins, presque sans interruption de 1953 à 1985. Cependant, la série est stoppée depuis le milieu des années 1980 avec la concurrence d'autres clubs, comme l'Olympiakós, également installé au Pirée. Ethnikos détient le record de 13 ans d'invincibilité (1951-1964), le record des championnats invaincus (29, 11 consécutifs) et le record depuis des années en tant qu'équipe la plus gagnante (69 ans, 1957-)
Trois fois championne nationale entre 1988 et 1992, l'équipe féminine remporte son premier titre européen en 2010 avec un trophée de la Ligue européenne de natation. En 2022, le club a répété son triomphe. L'équipe féminine a atteint les quarts de finale de l'Euroligue en 2021-22 pour la première fois de l'histoire du club