Il s'engage dans la Reichsmarine en 1931 avant d'être transféré dans la Luftwaffe en 1935 pour y suivre un entraînement de pilote[1].
Le Feldwebel sert au sein du 3.(J)/LG 2 au début de la guerre et remporte sa première victoire au-dessus de la Pologne lorsqu'il abat un biplan PWS-26 le [1]. Il participe ensuite à la campagne de France au cours de laquelle il remporte 2 nouvelles victoires confirmées et une autre non confirmée. Le , l'Oberleutnant Clausen devient Staffelkapitän du 1(J)/LG 2. Lorsque le 1(J)/LG 2 opère sur le front des Balkans, Clausen remporte 3 victoires au-dessus de la Yougoslavie contre des avions de la Force aérienne royale yougoslave(en) le . Après la fin de la campagne des Balkans, Clausen est envoyé en repos avec son unité en Europe de l'Ouest.
Le , le 1(J)/LG 2 est redésigné 1./JG 77. Envoyé sur le front de l'Est, Clausen s'y montre particulièrement victorieux au cours de l'année 1941 et surtout au cours de l'année 1942. Le , alors que le staffel porte toujours la désignation de 1(J)/LG 2, il abat ses deux premiers appareils russes (victoires 7 et 8). À la fin de l'année 1941, son total atteint 18 victoires. La 20e tombe le et la 30e le 24 février. Le 9 mars, il abat 5 ennemis. Il reçoit la Ritterkreuz le 22 mai après 52 victoires. Le 27 juin, il est transféré et devient Staffelkapitän du 6./JG 77.
Au cours du seul mois de juillet 1942, il remporte 45 victoires dont 3 victoires quadruples, deux victoires quintuples, et une sextuple victoire. Clausen remporte 6 victoires, dont la 100e le .
En juillet 1943, il remporte 8 victoires contre des bombardiers lourds. Le , il abat un B-24 Liberator mais il est lui-même tué au-dessus de la mer du Nord, alors qu'il se lance à l'attaque d'un autre B-24 à bord de son Fw 190 A-5/U12 Y[1].
Erwin Clausen était crédité de 132 victoires, obtenues en 561 missions. Il avait abattu 18 Iliouchine Il-2[1].
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