Il assiste Walter Andrae entre 1903 et 1905 lors des fouilles menées à Assour, puis voyage ensuite beaucoup en Irak et en Perse au début du XXe siècle. Il a fouillé et documenté de nombreux sites historiques en Turquie, Syrie, en Perse, et surtout en Mésopotamie (à Bagdad et Ctésiphon par exemple). Il conduit à Samarra les premières fouilles d'un site de la période islamique en 1911-1913. Après son service militaire au cours de la Première Guerre mondiale, il est nommé professeur à plein temps pour le cours « Landes- und Altertumskunde des Orients » à Berlin en 1920. Ce cours est le premier cours au monde d'archéologie du Proche et du Moyen-Orient. En 1923-1925, il commence à mener des explorations en Perse et décrit les ruines les plus importantes du pays pour la première fois. Il déménage en 1925 à Téhéran et reste là-bas la plupart de son temps jusqu'en 1934. Il aide à créer une loi iranienne sur les antiquités et fouille les capitales achéménides de Pasargades et Persépolis.
Il quitte l'Iran en 1935 ayant l'intention de passer une année à Londres, mais il ne revient plus, car il est forcé à cause de la loi allemande de quitter son poste en 1935 en raison de ses origines juives. Il devient membre de l'Institute for Advanced Study à Princeton entre 1936 et 1944. Il meurt à Bâle, en Suisse, en 1948.
Gerold Walser(de): Zum Gedenken an Ernst Herzfeld, 1879–1948. In: Archäologische Mitteilungen aus Iran. Bd. 12, 1979, S. 9–12.
Friedrich Krefter(de): Mit Ernst Herzfeld in Pasargadae und Persepolis 1928 und 1931–1934. In: Archäologische Mitteilungen aus Iran.
Ann C. Gunter, Stefan R. Hauser(de) (Hrsg.): Ernst Herzfeld and the development of Near Eastern Studies, 1900–1950. Brill, Leiden 2005, (ISBN90-04-14153-7).
Utz Maas: Verfolgung und Auswanderung deutschsprachiger Sprachforscher 1933-1945.Eintrag zu Ernst Herzfeld (abgerufen: 13. April 2018)