Le groupe aérien était divisé en quatre escadrons, chacun avec dix-huit appareils dédiés à un rôle particulier. Les escadrons ont été désignés en fonction de leur rôle, et tous ont reçu le numéro d'unité Six, dérivé du numéro de coque de l'Enterprise.
Après son retour à Pearl Harbor, l' Enterprise Air Group a été dissout le . Conformément au nouveau schéma de désignation du groupe aérien de l'US Navy consistant à attribuer des numéros plutôt que le nom du navire auquel le groupe était affecté, un nouveau groupe aérien désigné Carrier Air Group SIX a été créé en mars 1943 et réaffecté à l'USS Enterprise. En raison de la manière dont la marine américaine détermine la lignée d'une unité, dans laquelle la lignée d'une unité commence à son établissement et se termine à sa dissolution, l'Enterprise Air Group et le Carrier Air Group SIX sont deux unités séparées et distinctes et ne partagent pas une lignée.