L'histoire d'Enkuizen se confond avec celle de la Zuyderzee. La mer est alors poissonneuse, s'imposant en source de prospérité pour les populations paysannes et maritimes locales.
La digue d'Enkhuizen, se prolongeant vers l'île de Wieringen et au-delà vers Turig en Frise, participe au XXe siècle des grands travaux programmés de la Zuyderzee. Ces chantiers colossaux amènent la fermeture de l'ancienne mer du Sud sur 224 000 hectares, avec une moitié aménagé par assèchement.
Le musée du Zuyderzee raconte l'histoire de la ville ainsi que celle de la titanesque fermeture de cette ancienne mer nourricière.
Habitants célèbres
Gerbrand Bakker, médecin, professeur à l'université de Groningue