Néanmoins, cet état se montre rapidement éphémère, du fait notamment de la désastreuse bataille de Klokotnica contre les Bulgares en 1230, où Théodore Doukas est capturé puis aveuglé[1]. Son frère et successeur, Manuel Comnène Doukas, préalablement couronné despote par Théodore[1], devient un vassal des Bulgares et perd l'essentiel des terres détenues en Macédoine et en Thrace, tandis que l'Épire s'affirme sous la direction de Michel II Comnène Doukas.
Revenu de captivité, Théodore parvient à reprendre Thessalonique en 1237 et fait de son fils, Jean Comnène Doukas, son successeur[1] tandis que Manuel Comnène Doukas, avec le soutien de Nicée, s'empare de la Thessalie. Ce qui reste de l'éphémère « empire » disparaît bientôt tout à fait[1] : en 1241, Jean III Vatatzès, souverain de Nicée, retire les insignes impériaux à Jean Doukas auxquels il substitue ceux de despote, repris à la mort de ce dernier par son frère Dèmètrios Doukas en 1244[1]. En 1246 Jean Vatatzès met un terme à l'autonomie de Thessalonique, reprend le contrôle de la cité qu'il annexe à l'empire de Nicée et exile Dèmètrios Doukas[1].
Angeliki Laiou (dir.) et Cécile Morrisson (dir.), Le monde byzantin, t. III : L'empire grec et ses voisins XIIIe – XVe siècle, Paris, Presses universitaires de France, (ISBN978-2-13-073738-4, lire en ligne), chap. XVI (« Le despotat d’Épire et l’empire de Thessalonique »), p. 311-322
Günter Prinzing, « Epiros 1204–1261 : Historical Outline – Sources – Prosopography », dans Judith Herrin et Guillaume Saint-Guillain (éds.), Identities and Allegiances in the Eastern Mediterranean after 1204, Routledge, (ISBN9781138379688)