Il entre à l'école polytechnique, puis fait l'école d'artillerie de Châlons. Compromis dans l'insurrection du 12 vendémaire, il est condamné à mort par contumace, et est obligé de se cacher jusqu'en 1803. Il entre alors dans la magistrature et devient substitut du procureur impérial au tribunal de première instance de la Seine. Il devient peu après avocat général à la cour d'appel de Paris.
En 1809, il est fait baron de l'empire Fréteau de Pény, sur institution de majorat.
A la première Restauration, en 1814, il est nommé avocat général à la cour de Cassation. Resté en poste pendant les Cent-Jours, il est destitué au retour des Bourbons, en 1815, avant d'être réintégré en 1818. Il est à nouveau suspendu entre 1824 et 1826, pour avoir conclu, dans un dossier, contre les instructions du ministre.
En 1833, il est nommé conseiller à la Cour de Cassation, avant de devenir pair de France le . Il prend sa retraite de magistrat en 1852.
Emmanuel Jean Baptiste Fréteau de Pény épouse Thérèse Philippine Dassy. Elle meurt le . De ce mariage :
Hercule René Jean Baptiste Emmanuel, baron Fréteau de Pény, conseiller référendaire à la Cour des comptes de 1842 à 1866, chevalier de la légion d'honneur[2], marié en 1847 avec Anne Aline Petit;
↑Archives Nationales, base Leonore, dossier de Légion d'honneur d'Emmanuel Jean-Baptiste Freteau de Peny, LH/1035/54.
↑Archives Nationales, base Leonore, dossier de Légion d'honneur d'Heracle (sic) René Jean Baptiste Freteau de Peny, LH/1035/55. Voir sa notice biographique sur le site de la cour des comptes [1].
↑Vicomte Albert Réverend, Armorial du premier Empire, tome 2, Paris, Librairie Honoré Champion, rééd. 1974, p. 189