Blackwell est née en 1826 à Bristol, Angleterre. En 1832, la famille de neuf enfants émigre aux États-Unis, à New York City et en 1837, elle s'installe près de Cincinnati. L'année suivant, son père décède alors qu'elle a 11 ans[2].
Suivant l'exemple de sa sœur ainée, Elizabeth, Emily Blackwell commence à étudier la médecine en 1848. Elle fut d'abord rejetée par différentes écoles de médecine, dont la Geneva Medical School qui avait accepté sa sœur, avant d'être acceptée à la Western Reserve University à Hudson, dans l'Ohio. Elle sort diplômée en mars 1854 et poursuit ses études à Edimbourg, sous la supervision de James Young Simpson, à Londres avec William Jenner, puis à Paris, Berlin et Dresden en Allemagne[3],[2].
Avec la Dr. Zakrzewska, elles réussirent à récoler 50,000 dollars qu'elles proposèrent d'offrir à l'Université Harvard à la condition que leur faculté de médecine commence à accepter les femmes dans leurs programmes, ce qui sera refusé[2].
Vie privée
En 1871, elle adopte une fille qu'elle nomma Nanni en hommage à sa mère Hannah. Elle s'occupa également des deux filles adoptives, Cornelia et Susie, de sa sœur Sarah Ellen[2].
Emily Blackwell était la compagne de la doctoresse Elizabeth Cushie. Les deux femmes on vécu, voyagé et exercé la médecine ensemble jusqu'à sa mort[2].