Il est emprisonné en 1944 pour adultère, ayant une relation avec Lina, une femme mariée. Dans les années 1960, la Démocratie chrétienne lance des poursuites judiciaires contre lui, estimant que les enfants qu’il avait eus Lina avec cette femme n'étaient pas les siens[4], ce qui le contraint de passer huit mois clandestinement dans une ferme en Émilie-Romagne[1]. Ces épisodes feront de lui un fervent défenseur des libertés civiles et de la laïcité[4].
En 1963, il est élu à la Chambre des députés, occupant le siège jusqu'en 1976, date à laquelle il est élu au Sénat[7]. Il a quitté le Parlement en 1992, écarté par le secrétaire régional sicilien de l'époque, Pietro Folena[1]. À partir de 1963, il est également membre du Secrétariat politique du PCI sous Palmiro Togliatti, Luigi Longo et Enrico Berlinguer[7].
1982 à 1986, Macaluso est rédacteur en chef de L'Unità[7].
Il soutient lors du congrès de Rimini en 1991 la dissolution du PCI et défend l'idée d'une fusion avec le Parti socialiste afin d'unifier la gauche. Ce projet n'aboutit pas, le PSI étant au début des années 1990 empêtré dans des affaires judiciaires (opération mains propres). Il adhère au Parti des démocrates de gauche, qui regroupait l’ancienne aile droite du PCI, lors de sa fondation en 1991, mais pas au Parti démocrate (fondé en 2008), regrettant que celui-ci abandonne toute référence au socialisme, et se montre toujours critique vis-à-vis de lui[8],[4].
Désormais indépendant de tout parti, il continue à défendre l'héritage du Parti communiste[8],[4], notamment par la publication quotidienne de textes sur sa page Facebook. Le 1er mars 2019, à l'occasion de l'anniversaire du massacre de Portella della Ginestra, il prononce un discours de 20 minutes[1].
Emanuele Macaluso est mort à Rome le à l'âge de 96 ans[9].
Publications
I comunisti e la Sicilia, Rome, Editori Riuniti, 1970.
La mafia e lo Stato, Rome, Editori Riuniti, 1971.
Agricoltura, Mercato comune e regioni, avec Gerardo Chiaromonte et Pietro Ingrao, Rome, Editori Riuniti, 1973.
Una nuova agricoltura. Per un nuovo sviluppo economico e sociale, con altri, Rome, Editori Riuniti, 1976.
La Sicilia e lo Stato, Milan, Teti, 1979.
Perché il Mezzogiorno viva, Rome, Editori Riuniti, 1981.
Terra di tutti, Rome, Ediemme, 1988.
Togliatti e i suoi eredi, Soveria Mannelli, Rubbettino, 1988. (ISBN88-7284-265-4).
Giulio Andreotti tra Stato e mafia, Soveria Mannelli, Rubbettino, 1995. (ISBN88-7284-399-5).
Da Cosa non nasce Cosa. Conversazione sull'unità della sinistra, avec Paolo Franchi, Milan, Rizzoli, 1997. (ISBN88-17-85118-3).
Parola di leader. Conversazioni sul discorso carismatico, con altri a cura di Alessandro Vittorio Sorani, Florence, Pagliai, 2008. (ISBN978-88-564-0043-4).
Politicamente s/corretto, avec Peppino Caldarola, Rome, Dino Audino, 2012. (ISBN978-88-7527-226-5).
Comunisti e riformisti. Togliatti e la via italiana al socialismo, Milan, Feltrinelli, 2013. (ISBN978-88-07-17269-4).
La mafia e lo Stato. L'organizzazione criminale dalla prima alla seconda Repubblica, Cava d'Aliga, Edizioni di storia e studi sociali, 2013. (ISBN978-88-908548-5-9).
I Santuari. Mafia, massoneria e servizi segreti. La Triade che ha condizionato l'Italia, Rome, Castelvecchi, 2014. (ISBN978-88-6826-479-6).
Comunisti a modo nostro. Storia di un partito lungo un secolo, con Claudio Petruccioli, Venise, Marsilio, 2021. (ISBN978-88-297-0903-8).