C'est dans les années 1980 qu'Eiko Ishioka s'oriente vers le cinéma en tant que costumière après une carrière artistique qui l'a vue déformer, de manière iconoclaste, l'art traditionnel japonais dans plusieurs campagnes d'affichage. Elle a illustré, dans des œuvres provocatrices, un monde en plein bouleversement et en crise de valeurs. En 1985, elle est récompensée par le Prix de la Contribution Artistique au Festival de Cannes pour son travail sur Mishima de Paul Schrader. Elle a été nommée aux Tony Awards pour la pièce de David Henry Hwang, jouée à Broadway et adaptée au cinéma par David Cronenberg : M. Butterfly. Elle a par ailleurs obtenu un Grammy Award pour les graphismes de l'album de Miles Davis : Tutu. Ishioka a également collaboré avec le compositeur Philip Glass, le créateur de mode Issey Miyake et l'architecte Arata Isozaki. La création des costumes du Bram Stoker's Dracula de Francis Ford Coppola où le souci du réalisme historique se confronte à son imagination foisonnante et baroque lui vaut un Oscar en 1993[2]. En 2002, elle réalise le clip de la chanson de Björk, tirée de l'album Vespertine, Cocoon, peu diffusé en raison de ses images à la fois subversives et ludiques, montrant deux longs fils rouges, sortis des seins de la chanteuse, enrouler le corps nu et blanc de cette dernière pour former un cocon. En 2007, Ishioka a exprimé son originalité esthétique dans les costumes de scène qu'elle dessine pour L'Anneau du Nibelung de Richard Wagner monté à l'Opéra national des Pays-Bas.
Ishioka est diplômée de l'Université Nationale des Beaux-Arts et de Musique de Tokyo. Son œuvre graphique, fruit d'un imaginaire fécond et audacieux, mêle l'onirique au cauchemardesque. Elle juxtapose de surcroît un art naïf à une grande sophistication visuelle dans le choix des couleurs, des traits et des reliefs. Elle fait l'objet de plusieurs expositions temporaires ou permanentes à travers le monde, notamment au MoMa. En 1992, elle est sélectionnée pour être membre du Club des directeurs artistiques "Hall of Fame" de New York. Elle se marie avec Nico Soultanakis, un coproducteur et scénariste de talent (ce dernier participa à de nombreux films de Tarsem, dont The Fall, Les Immortels, Blanche-Neige).
Son travail le plus célèbre reste la réalisation des costumes pour le spectacle Varekai du Cirque du Soleil en 2002.