En 1924, il accepte la direction du Muséum d'Afrique du Sud (aujourd'hui Iziko South African Museum(en)), où il prend son poste le 1er janvier 1925[4]. Il y a fait faire beaucoup d'aménagements et d'agrandissements[1]. Il prend sa retraite en 1942, à 64 ans[2].
Gill est parti en Afrique du Sud avec sa sœur Marion Gill, qui réalise les illustrations de son livre A First Guide to South African Birds, publié en 1936 et réédité plusieurs fois[4].