Jack Warner nomma Seltzer à la tête du studio après l'avoir racheté à Leon Schlesinger en 1944. Contrairement à son prédécesseur, il ne voulait pas faire figurer son nom dans la liste des crédits du générique. Beaucoup de ce que l'on sait de lui provient de l'autobiographie de Chuck Jones intitulée Chuck Jones, ou, L'autobiographie débridée du créateur du Bip-Bip, du coyote et leurs amis. Jones y décrit Selzer comme un individu agaçant n'ayant aucun attrait ni sentiment pour les dessins animés.
Malgré son indifférence envers l'animation, Selzer s'est querellé à de nombreuses reprises avec les scénaristes et les dessinateurs.
Friz Freleng a d'ailleurs failli démissionner après s'être disputé avec Selzer, qui pensait que faire se rencontrer Titi et Grosminet n'était pas une bonne idée. Après s'être excusé, Selzer produisit Tweetie Pie, le tout premier dessin animé où l'on peut voir Titi et Grosminet réunis. Ce court métrage remporta d'ailleurs l'Oscar du meilleur court-métrage d'animation en 1947. Titi et Grosminet furent alors parmi les duos les plus attachants des dessins animés Warner bros.
Après avoir vu la première du personnage Taz en 1954 dans le court-métrage Devil May Hare, il interdit à Robert McKimson de créer d'autres dessins animés de ce personnage qu'il trouvait grotesque. Il changea d'avis quand Jack Warner lui révéla que c'était un succès considérable auprès des spectateurs.
Malgré tout cela, Chuck Jones appréciait rétrospectivement les interférences de Selzer car cela donnait à l'équipe de création des limites à repousser. Par exemple, c'est à la suite d'une déclaration de Seltzer qui disait que les chameaux n'étaient pas drôles, que Friz Freleng créa en 1955Sahara Hare dans lequel Sam le pirate lutte pour contrôler un chameau un peu bête. De même, Chuck Jones et Michael Maltese ont créé le court-métrage Bully for Bugs à la suite d'une déclaration de Seltzer qui disait que la corrida n'avait rien de comique.
La seule fierté qu'il semblait arborer fut la notoriété qu'il eut avec les personnages des Looney Toons. Même s'il déclara qu'il n'y avait rien de drôle chez une mouffette qui parlait français, il accepta fièrement l'Oscar du meilleur court-métrage d'animation en 1949 avec For Scent-imental Reasons, un dessin animé avec Pépé le putois.
La citation qui résume le plus Selzer est peut-être celle de sa réaction à la vue d'une équipe de dessinateurs riant devant un scénarimage : il entra dans la salle et leur demanda: « pourquoi bon dieu riez vous comme cela, alors que vous créez des dessins animés ? »
Eddie Selzer mourut en 1970 à l'âge de 77 ans. À sa mort, les cinq oscars qu'il reçut pour ses courts-métrages furent distribués parmi les équipes, dessinateurs, scénariste, doubleurs... Celui de 1957, par exemple pour Birds Anonymous, fut donné à Mel Blanc, le doubleur.
