Eduardo Del Pueyo passe la majeure partie de sa vie à Bruxelles où il est professeur de piano au conservatoire. Il y enseigne notamment les techniques de Marie Jaëll, une proche amie de Franz Liszt, avant de développer sa propre pédagogie qui lui amène de nombreux étudiants du monde entier. Il est également professeur extraordinaire à la Chapelle musicale Reine Élisabeth.
Reconnu comme un des grands pianistes du vingtième siècle, il est un spécialiste de la musique espagnole et de l'œuvre de Ludwig van Beethoven.
Il a donné l'intégrale des sonates pour piano de Beethoven à l'École normale de musique de Paris-Alfred Cortot en plusieurs récitals à la fin des années 1940. Ces récitals ont été diffusés en différé par Paris-Inter. Par la suite, Eduardo del Pueyo enregistrera cette intégrale sur disques microsillons pour la firme phonographique belge Pavane qui en annonce la parution prochaine sur CD.