Après la proclamation de la république au Brésil le , il entreprit de combattre, par des livres et des articles de presse, la politique menée et les actions commises par le gouvernement républicain. Ainsi ne se lassait-il pas de fulminer contre ce qu’il qualifiait de « pathologie financière » de l’État républicain et contre sa corruption électorale. Eça de Queirós, directeur de la Revista de Portugal, lui ouvrit ses colonnes pour une série d’articles signés sous le pseudonyme de Frederico de S. et réunis ensuite en recueil sous le titre Fastos da ditadura militar no Brasil. Il apporta aussi sa contribution à l’ouvrage collectif A Década Republicana (litt. la Décennie républicaine), auquel collaborèrent nombre de monarchistes brésiliens de premier plan. Son livre A ilusão americana (litt. l'Illusion américaine), paru en 1892, où il critiquait vivement la politique pro-américaine du gouvernement républicain, fut interdit et l’ensemble des exemplaires saisi par la police[1].
Pendant la guerre de Canudos, tandis que s’exacerbait l’opposition entre républicains et monarchistes, il fut le principal porte-parole des milieux monarchistes. En , alors que le conflit faisait rage dans le sertãobahianais, et que Prado rendait le gouvernement républicain responsable des défaites militaires à répétition de l’armée fédérale, le gouverneur de São Paulo, Manuel Ferraz de Campos Sales, excédé par ces campagnes de presse, et redoutant que l’agitation monarchiste n’éloignât du Brésil les fonds d’investissement étrangers, décida de sévir contre les milieux monarchistes. La police reçut l’ordre d’envahir les domiciles privés afin d’empêcher les réunions, même pacifiques, de s’y tenir. Eduardo Prado, en tant que chef de file de la faction monarchiste de São Paulo, fut à cette occasion une cible privilégiée de la persécution politique[2].
Ses liens d’amitié avec l’écrivain portugais Eça de Queirós ont porté certains commentateurs à voir en Eduardo Prado le modèle de Jacinto de Tormes, personnage central du roman A Cidade e as Serras (trad. fr. sous le titre 202 Champs-Elysées), millionnaire saturé des conforts de la civilisation et ayant résolu de finir ses jours dans la quiétude des montagnes autour de Baião au Portugal.
Il fut l’un des fondateurs de l’Académie brésilienne des lettres, où il occupait le fauteuil n° 40, dont le patron est le vicomte de Rio Branco. Il cofonda également l’Institut historique et géographique brésilien, dont il deviendra ensuite membre correspondant. Enfin, il était titulaire du fauteuil n° 5 de l’Académie pauliste des lettres.
