Il a commencé sa carrière comme médecin volontaire au Nicaragua. Il a ensuite été embauché comme représentant de l'Unicef au Mexique, avant de devenir conseiller du gouvernement italien pour les programmes de coopération médicale en Amérique latine et en Afrique subsaharienne.
Quand il était jeune, Eduardo Missoni fut scout, avant de devenir responsable scout. Il resta actif dans le scoutisme et devint, le , secrétaire général de l'Organisation mondiale du mouvement scout (OMMS).
Le , lors d'une réunion extraordinaire du Comité Scout Mondial, Eduardo Missoni a été forcé de quitter ses fonctions prématurément à la demande de deux associations nationales scoutes : les BSA et les suédois, plus la FSM.
