Il dirige la Revue chrétienne à partir de 1854. Il est d'orientation « orthodoxe » ou « évangélique » sur le plan théologique et s'affirme comme un de porte-parole de ceux-ci, face aux tenants du protestantisme libéral, notamment dans son ouvrage Jésus-Christ. Son temps, sa vie, son œuvre (1866), qu'il conçoit comme une réponse à la Vie de Jésus publié par Ernest Renan en 1863.
Conférences sur le christianisme dans son application aux questions sociales, 1849
Du Catholicisme en France. Prospérité matérielle, décadence morale, 1851
Le Rédempteur, 1854
La Famille chrétienne, 1856
Histoire des trois premiers siècles de l'Église chrétienne, 1re série, Le premier siècle, 2 vol., 1858, (1858-1870)
Histoire des trois premiers siècles de l'Église chrétienne, 2e série, La grande lutte du christianisme contre le paganisme, 2 vol.,1861
Histoire des trois premiers siècles de l'Église chrétienne, 3e série, Histoire du dogme, 1869
Histoire des trois premiers siècles de l'Église chrétienne, 4e série, La vie ecclésiastique et morale des chrétiens aux IIe et IIIe siècles, 1870
Discours religieux. Première série. L'Église et ses moyens de grâce. Seconde série. L'apôtre Saint Paul, ou Un chrétien des temps primitifs, 1859
L'Église et la Révolution française, histoire des relations de l'Église et de l'État de 1789 à 1802, 1864
Le Pays de l'Évangile, notes d'un voyage en Orient, 1864
Jésus-Christ. Son temps, sa vie son œuvre, 1865
Études évangéliques. Première série : le Problème de la douleur. Deuxième série : la Voix de l'Église et le cri du cœur chrétien, 1867
La Vraie liberté, 1869
Les Réunions publiques de Paris et les élections prochaines, 1869
Les Leçons du , les faits et les idées, 1871
Le Concile du Vatican, son histoire et ses conséquences politiques et religieuses, 1872
La Liberté religieuse en Europe depuis 1870, 1874
Le Culte chrétien au second et au troisième siècle, thèse, 1876
La Question ecclésiastique en 1877, avec une préface et des notes explicatives. Premier discours : l'Individualisme chrétien et la Réforme. Deuxième discours : l'Individualisme chrétien et la crise du protestantisme français, 1878
Le concile du Vatican, 1879
Études contemporaines, 1880
Les Origines, le problème de la connaissance, le problème cosmologique, le problème anthropologique, l'origine de la morale et de la religion, 1883
Rosemonde Sanson, « Pressensé Edmond Dehault de 1823-1891 », dans Jean-Marie Mayeur et Alain Corbin (dir.), Les immortels du Sénat, 1875-1918 : les cent seize inamovibles de la Troisième République, Paris, Publications de la Sorbonne, coll. « Histoire de la France aux XIXe et XXe siècles » (no 37), , 512 p. (ISBN2-85944-273-1, lire en ligne), p. 444-447.