Ministre de la Culture du au dans le gouvernement dirigé par son père, elle est élue maire d'Athènes en . Le , elle est nommée ministre des Affaires étrangères et dirige la diplomatie grecque pendant trois ans et demi.
Elle postule aux élections municipales d' comme candidate de la ND à la mairie d'Athènes. Avec 47,5 % des voix, elle vire en tête du premier tour et devance de plus de 20 points le candidat socialiste Chrístos Papoutsís. Au second tour une semaine plus tard, elle s'impose en recueillant 60,6 % des suffrages, score jamais atteint dans la capitale[1]. Le , elle prend ainsi la suite de Dimítris Avramópoulos.
Le , elle est nommée ministre des Affaires étrangères, poste qu'elle conserve jusqu'à la défaite de son parti aux élections législatives de 2009. Elle est une européenne convaincue, parlant plusieurs langues et se voulant proche des gens[1].
Échec à la présidence de la ND et exclusion
Elle fait alors figure de favorite pour prendre la tête du parti Nouvelle Démocratie, à la suite de la démission de son leader le Premier ministre sortant Kóstas Karamanlís, mais elle est battue par Antónis Samarás lors du congrès de .
Le , elle est exclue de son parti, la ND, pour avoir voté, contre la décision du groupe parlementaire, en faveur des mesures d'austérité du gouvernement Papandréou. Elle avait déclaré qu'en tant que libérale, elle ne pouvait que voter pour ces mesures libérales.
Le , Dóra Bakoyánni fonde le Forum pour la Grèce, association à but non lucratif, dont les objectifs sont : la résolution des problèmes qui empêchent la croissance de la Grèce, la protection de principes fondamentaux comme la démocratie, l'égalité et la justice sociale, l’encouragement de la participation de tous les citoyens à la vie sociale et politique, l'expression de nouvelles idées et de stratégies dans un cadre de coopération constructive avec la société des citoyens.
Création de la DISY et retour à la ND
Le suivant, Dóra Bakoyánni lance un nouveau parti politique, l'Alliance démocrate (DISY), lors d'une conférence au théâtre Badminton, avec la présence de 5 000 personnes qui signent la déclaration fondatrice centrée autour de valeurs et de principes communs, comme le libéralisme, la justice sociale et la liberté. Ce mouvement réunit quatre députés (dont elle-même) et un député européen.
En , le centre international des femmes accorde à Dóra Bakoyánni l' « International Leadership Award » et en , elle est distinguée par le 14e colloque international « Fontana di Roma » en tant que personnalité prépondérante dans le domaine de la culture.
En 2003, sur invitation du président de la Commission européenneRomano Prodi, elle participe avec 12 autres personnalités importantes de l'Europe à la table ronde qui a comme mission de soumettre des propositions sur le caractère social, l'identité culturelle, mais aussi sur le projet économique de la nouvelle Europe.
En , Dóra Bakoyánni est élue « World Mayor » au concours international annuel de l'organisme « City Mayors » en recevant la majorité des votes et des commentaires positifs parmi les 550 maires du monde entier.
En 2006, 2007 et 2008, elle est classée (66e en 2006 et 67e l'année suivante) dans la liste des 100 femmes les plus puissantes de la planète, établie par la revue Forbes.
En 2008, la province du Tyrol et la ville d'Innsbruck accordent à Dóra Bakoyánni la distinction « Maximilian Award - European Award for Regional Policy and Local Government. »
