Perdues en 1799, les îles sont érigées en une « république des Sept-Îles », placée sous protectoratrusse, puis de nouveau français. Les départements sont définitivement supprimés en 1802. Les îles et la ville de Parga sont à nouveau occupées par la France de 1807 (traité de Tilsit) à 1814, avant de devenir protectorat britannique jusqu'en 1864.
Organisation
Le général Napoléon Bonaparte évoque, depuis son quartier-général de Milan, l'organisation des départements français de Grèce nouvellement créés dans une lettre au Directoire du 25 brumairean VI () :
« [...] J'ai envoyé à Corfou le citoyen Rolhières, homme instruit, pour remplir les fonctions de commissaire près le département de la Mer-Égée. Je n'ai point trouvé de sujets pour envoyer comme commissaires dans les départements de Corcyre et d'Ithaque. Il faudrait des hommes instruits et extrêmement désintéressés. Ces peuples aiment beaucoup les Français. Je vous fais passer copie d'une lettre de la municipalité de Zante.
P.S. Le citoyen Pocholle, ex-conventionnel, et le citoyen Carbini, m'ayant demandé à être commissaires dans les départemens de Corcyre et d'Ithaque, je les y ai envoyés. Cela vous donnera le temps d'envoyer dans ces départemens des hommes qui aient votre confiance, en même temps que cela épargne des frais de route, ces citoyens se trouvant ici. Le citoyen Comeyras, résident de la république à Coire, désirerait être votre commissaire pour l'organisation de ces îles. Comme cette place est très importante, et que le citoyen Comeyras est employé comme agent, je n'ai pas voulu prendre sur moi de le nommer. »
↑* J.P. Bellaire, Précis des opérations générales de la division Française du Levant : chargée, pendant les années V, VI et VII de la défense des îles et possessions ex-vénitiennes de la mer Ionienne, formant aujourd'hui la République des Sept-Isles, Paris, Magimel, , 486 p. (lire en ligne), p. 444
Chriseuil de Rulhière, Essai sur les isles de Zante, de Cerigo, de Cérigotto et des Strophades : composant le département de la Mer-Égée, Paris, Dessenne, 1800-1801, 59 p., monographie imprimée (lire en ligne)
J.P. Bellaire, Précis des opérations générales de la division Française du Levant : chargée, pendant les années V, VI et VII de la défense des îles et possessions ex-vénitiennes de la mer Ionienne, formant aujourd'hui la République des Sept-Isles, Paris, Magimel, , 486 p. (lire en ligne)
Guillaume Pauthier, Les îles Ioniennes pendant l'occupation française et le protectorat anglais : d'après des documents authentiques la plupart inédits tirés des papiers du général de division comte Donzelot, Paris, Duprat, , 155 p. (lire en ligne)
Lamare-Picquot, Nos anciens à Corfou : Souvenirs de l’aide-major Lamare-Picquot (1807-1814), avec un appendice sur l’Académie fondée par les Français à Corfou, Paris, Alcan, , 256 p., in-8 (lire en ligne)
(el) Jacques Baeyens (trad. du français par Michel Politis), Οι Γάλλοι στην Κέρκυρα, 1797-1799 & 1807-1814 [« Les Français à Corfou, 1797-1799 et 1807-1814 »], Athènes, Éditions Limon, , 226 p.
