Celle-ci fut acceptée mais Dundee Football Club s'opposa à leur dénomination, et ils changèrent de nouveau pour s'appeler Dundee Wanderers F.C. à partir de , nom sous lequel ils effectuèrent leur saison en Scottish Football League et qu'ils garderont jusqu'à leur disparition en 1913.
Ils jouèrent leur saison 1894-95 en Division 2 mais celle-ci fut difficile car ils perdirent le droit de jouer au Clepington Park (ancien nom de Tannadice Park) entre l'été et . Durant cette période, ils jouèrent leurs matches à domicile East Dock Street Park. Ils terminèrent le championnat 9e sur 10 et ne furent pas réélus pour continuer à jouer dans la Scottish Football League. Ils obtinrent à cette occasion un record, toujours valable, celui de la plus grosse défaite : 1-15 contre Airdrieonians.
Ils rejoignirent alors la Northern League(en) dont ils furent champions en 1900. Mais ils perdirent de nouveau le droit d'utiliser Clepington Park en 1909, dorénavant alloué à Dundee Hibernian, qui allait devenir Dundee United. Incapable de retrouver un autre stade, ils jouèrent toute la saison suivante leurs matches à domicile sur le terrain de leurs adversaires, et durent même renoncer à participer à la Northern League(en) leur de la saison 1910-11.
Ayant réussi à trouver un stade, le St Margaret's Park, à Lochee(en), ils purent réintégrer la Northern League(en) pour la saison 1911-12, qui fut leur dernière véritable avant leur disparition. Ils jouèrent un dernier match de Coupe d'Écosse le , une défaite 0-8 contre Arbroath et leur tout dernier match eut lieu le , une défaite 1-6 en demi-finale de la Forfarshire Cup(en).
