Ce drapeau fut d'abord celui du parti indépendantiste, le Mouvement pour la libération de Sao Tomé-et-Principe – Parti social-démocrate, qui prendra le pouvoir à l’indépendance, à la seule différence que les bandes horizontales étaient de largeurs égales. Sa version originale est désignée par le futur président Manuel Pinto da Costa[1]. Il fut adopté le , soit quatre mois après l'indépendance de l'archipel.
Les couleurs sont celles du panafricanisme, mais une autre explication symbolique est aussi retenue : le rouge est celui du sang versé lors de la lutte pour l’indépendance, le jaune renvoie aux cacaoyers qui sont la principale ressource de l’archipel, et la végétation tropicale se retrouve dans le vert. Les deux étoiles représentent les deux îles formant le pays et le noir l’appartenance au continent africain.
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