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Le roi Christian ayant été chassé de son trône en 1523, la famille royale se réfugie dans les Flandres, pays d'origine de la reine Isabelle. Celle-ci meurt en 1526 à l'âge de 25 ans. Le roi Christian est alors en résidence surveillée au Danemark après une tentative malheureuse pour reprendre sa couronne.
La princesse Dorothée, son frère le prince héritier Jean et sa sœur Christine sont élevés dans les Flandres par leur grand-tante Marguerite d'Autriche puis à la mort de celle-ci en 1530 par leur tante Marie de Hongrie. Ces deux princesses étant nommées régente des Pays-Bas par leur neveu et frère, l'empereur Charles Quint.
Mariage
Le , elle épouse à HeidelbergFrédéric II, électeur du Palatinat, le plus important des souverains allemands après l'empereur. Le promis a 53 ans et elle 15. Leur union qui durera plus de vingt ans restera sans postérité. L'électeur meurt en 1556 laissant le trône à son neveu Othon-Henri qui s'est converti à la Réforme.