Domingo Benegas est joueur du Club Libertad dans son pays natal lors de l'année 1968[1],[2],[3].
En 1969, il rejoint l'Espagne et l'Atlético de Madrid : il ne dispute aucune rencontre sous le maillot madrilène lors de son passage et quitte le club en 1970[1],[2].
Domingo Benegas est alors transféré au RCD Majorque et joue durant la saison 1970-1971 sous les couleurs du de ce club[1],[2].
Lors de la campagne de Coupe des clubs champions 1973-1974, il dispute 8 des 10 rencontres de la compétition. L'Atlético progresse jusqu'en finale, en s'inclinant contre le Bayern Munich (match nul 1-1 puis défaite 0-4), Domingo Benegas entre en jeu lors du match d'appui[1],[3].
Par la suite, il joue cinq matchs lors de la Coupe des coupes 1976-1977. Il atteint les demi-finales de cette compétition, en étant battu par le club allemand du Hambourg SV[3].
Après un dernier titre de champion d'Espagne en 1977, il participe de nouveau à la Coupe d'Europe des clubs champions en 1977-1978. Il se met alors en évidence en inscrivant deux buts, lors du premier tour face au Dinamo Bucarest, puis en quart de finale contre le FC Bruges[1],[2].
En 1978, il revient au Burgos CF et raccroche les crampons après une dernière saison avec ce club[1],[2].