Les Wakizawa sont remplacés par une branche cadette du clan Hori et les possessions du domaine sont réduites à 20 000 koku. Les finances du domaine ne sont jamais bonnes et la situation continue de se détériorer au fil des années, ce qui provoque des révoltes en 1762 et en 1809. Le 10e daimyō, Hori Chikashige, est un fervent partisan de Mizuno Tadakuni et occupe des postes importants au sein du gouvernement shogunal, dont celui de rōjū. Le domaine est augmenté à 27 000 koku mais est ensuite réduit à 17 000 koku après l'échec des réformes Tenpō. Durant la période du Bakumatsu, le domaine perd encore 2 000 koku pour avoir échoué à arrêter l'avancée des forces anti-gouvernementales à travers son territoire durant la rébellion de Mito.
Durant la guerre de Boshin, le domaine soutient le camp impérial. En , avec l'abolition du système han, le domaine d'Iida devient brièvement la préfecture d'Iiya qui est ensuite absorbée dans la nouvelle préfecture de Nagano. Sous le nouveau gouvernement de Meiji, Hori Chikahiro, le dernier daimyō d'Iida reçoit le titre de vicomte (shishaku) selon le système de noblesse kazoku.
Possessions à la fin de l'époque d'Edo
Comme la plupart des domaines japonais, Iida est composé de plusieurs territoires discontinus dont la valeur kokudaka est fondée sur une estimation périodique du potentiel agricole[2],[3].