Son territoire coïncide avec le département de San Marcos avec une superficie de 3 791 km2 divisé en 30 paroisses. Le siège épiscopal est dans la ville de San Marcos où se trouve la cathédrale Saint-Marc.
Histoire
Le diocèse de San Marcos est érigé le 10 mars 1951 par la constitution apostoliqueOmnium in catholico du pape Pie XII en prenant une partie du territoire du diocèse de Los Altos (aujourd'hui archidiocèse de Los Altos, Quetzaltenango-Totonicapán)[2].
Il cède une partie de territoire le pour créer la prélature territoriale d'Huehuetenango (aujourd'hui diocèse de Huehuetenango)[3].
Nommé suffragant de l'archidiocèse de Santiago de Guatemala lors de sa création, il intègre la province ecclésiastique de Los Altos, Quetzaltenango-Totonicapán le 13 février 1996[4].