David Bernabéu est recruté l'année suivante par l'équipe Milaneza-MSS. Il réalise un bon début de saison en terminant quatrième du Tour de l'Algarve puis deuxième du Tour de la Communauté valencienne. Il se classe ensuite sixième de Paris-Nice après avoir remporté la dernière étape, signant un doublé avec son coéquipier Fabian Jeker, deuxième. Il est également onzième du Critérium international. Un contrôle antidopage réalisé la veille de sa victoire sur Paris-Nice révèle cependant une positivité à un corticoïde et lui vaut d'être suspendu jusqu'au [2].
En juin 2006, il est l'un des quatorze coureurs de la Comunidad Valenciana cités dans l'affaire Puerto. Tous sont néanmoins blanchis par la justice espagnol le [4]. Fin 2006, l'équipe disparaît. Bernabéu rejoint la formation Fuerteventura-Canarias, en compagnie de plusieurs de ses coéquipiers. Il ne gagne pas mais acquiert plusieurs places d'honneur sur des courses par étapes.
En 2008, à l'image de plusieurs autres coureurs cités dans l'affaire Puerto qui intègrent une équipe portugaise, il rejoint Barbot-Siper.
↑Initialement troisième du classement général, il récupère la deuxième place à la suite de la disqualification pour dopage de Nuno Ribeiro le vainqueur initial.
