Le jeune prodige d'origine portugaise commence sa carrière à l'Etzella Ettelbruck durant la saison 2002-2003. Durant la saison 2006-2007, il est élu, avec 26 buts, meilleur joueur du championnat luxembourgeois.
En 2008, il quitte le nord pour jouer au F91 Dudelange.
La saison 2011-2012 est sans doute l'une des meilleures pour Daniel da Mota, car pendant les qualifications pour la Champions League, avec le F91 Dudelange il gagne avec un score de 11-0 et 0-4 contre les saint marinais de Tre Penne.
Ensuite, le dudelangeois élimine le club autrichien Red Bull Salzbourg avec un score de 1-0 et 4-3.
Après avoir été éliminés par le NK Maribor, Da Mota et le F91 se retrouvent aux barrages (3e tour) de Ligue Europa face aux israéliens de Hapoel Tel Aviv.
Carrière internationale
Da Mota obtient la nationalité luxembourgeoise en 2007 sans pour autant perdre la nationalité portugaise. Il honore sa première sélection avec l'équipe du Luxembourg le contre l'Albanie, match comptant pour les éliminatoires de l'Euro 2008. Il est, depuis, régulièrement sélectionné en équipe nationale. Il inscrit, face à la Slovaquie, un doublé permettant au Luxembourg de s'imposer (2-1).
Le , à la 13e minute de jeu, Daniel marque le premier but de la rencontre face au Portugal de Cristiano Ronaldo, tout le stade va en euphorie pour son but puissant de 15 mètres.
Quatre jours plus tard, soit le , Daniel marque à nouveau à la 86e minute de jeu, face à l'Irlande du Nord. Le Luxembourg de Da Mota en égalisant (1-1) se retrouve désormais 3e du classement du groupe.
