D'abord journaliste à France Inter en 1973, ensuite en 1974 à TF1, puis à Antenne 2 devenue France 2, il occupe successivement plusieurs fonctions comme journaliste économique puis politique, présentateur[3], grand reporter, enfin rédacteur en chef adjoint de Télématin. Il devient en 1994 rédacteur en chef à France 5, où il occupe, dans les années 2000, les fonctions de médiateur. En 2008, il quitte France 5.
En parallèle, Il est devenu psychologue clinicien, psychanalyste, tout en poursuivant ses activités à la télévision. Il a mené conjointement une pratique de psychologue-psychanalyste dans les services d'infectiologie à Neker à Paris et ensuite Paul-Brousse, et de soins palliatifs de l'hôpital Paul-Brousse à Villejuif.
Daniel Duigou est ordonné prêtre à 51 ans dans le diocèse d'Amiens, il a été consultant à RMC pour les questions religieuses lors de la mort du pape Jean-Paul II.
En 2008, il met fin à toutes ses activités civiles pour vivre une expérience d'ermite dans le Sud du Maroc, près de Ouarzazate. Il poursuit une collaboration avec le journal La Croix.
À partir de 2015, il est curé de la paroisse Saint-Merri dans le 4e arrondissement de Paris.
En 2018, il demande que son mandat de curé de la paroisse Saint-Merri ne soit pas renouvelé. Il est malgré tout nommé administrateur, charge qu'il quitte en . En septembre 2019, il est reparti dans le Grand Sud marocain, à Ouarzazate, pour reprendre sa vie d'ermite. Depuis 2024, de retour à Paris, il est aumônier à l'hôpital de la Pitié Salpêtrière.
↑duigou daniel, « Rapport au Premier ministre sur le décret no 96-481 du 31 mai 1996 relatif au service public des bases de données juridiques », journal officiel, , p. 105 (ISSN1244-9288 et 2272-8090, DOI10.3917/legi.012.0105, lire en ligne, consulté le )