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L'académie Kibougamine (ou Hope's Peak) est un lycée prestigieux où seuls les étudiants ayant une très grande maîtrise ou connaissance dans un domaine sont acceptés. En guise d'exemple, l'Ultime Gymnaste, l'Ultime Entraineur, ou même encore l'Ultime Princesse.
Alors qu'Hajime Hinata s'apprêtait à faire ses premiers pas dans l'académie, lui et d'autres élèves se trouvent forcés à participer à une sortie scolaire sur l'Île Jabberwock où Monokuma, un ours en peluche se prétendant directeur de l'école, les chante à s'entretuer, seule possibilité pour s'enfuir de l'île.
La phase "Daily Life" où les élèves se relaxent et profitent de leur séjour, tandis que Monokuma tente de les motiver à s'entretuer. Dans cette séquence, le joueur peut se déplacer dans des environnements en 3D ou en 2.5D avec lequel il peut interagir. Le joueur a aussi la possibilité de discuter avec l'élève de son choix pour approfondir ses liens avec lui.
La phase "Deadly Life", qui intervient après la découverte d'un cadavre, où l'on enquête pour découvrir l'identité du coupable. Cette séquence se joue de la même manière que la précédente à la différence qu'elle a lieu dans un laps de temps plus court et que l'objectif principal est de récolter des indices, appelées ici des "Truth Bullet".
La phase "Class Trial" où on utilise les éléments trouvés dans la phase précédente afin de prouver l'identité du coupable. Cette séquence est principalement constituée de débats entre les différents personnages où le joueur tente de trouver une incohérence ou de soutenir la déclaration d'un élève. Elle se termine en général par l'exécution du coupable par Monokuma.
Il est également possible de jouer avec un animal virtuel depuis le menu pause
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Le jeu a été vendu à 69 000 exemplaires sur la version PSP lors de la 1ère semaine de vente au Japon[4].La version PSP au Japon a venu 162 408 copies au total[5].En octobre 2021 plus d'un million de copies ont été vendues sur PC[6].
