Elle fut fondée le , lors d'une conférence appelée par le pasteur Marc Boegner, à l'initiative du Révérend Macky du département de reconstruction des églises du Conseil œcuménique des Églises. Son but principal était la solidarité avec les églises espagnoles confrontées à l'obstruction du pouvoir franquiste. C'est depuis une structure légère d'aide et de coordination entre des églises en situation de minorité.
La première réunion du CEPPLE a lieu en septembre 1950 à Torre Pellice, le centre de l'Église évangélique vaudoise, situé dans le Piémont, sur le thème "Grandeur et misère des églises minoritaires"[1].
Depuis 2014, elle constitue un groupe régional de la Communion d'Églises protestantes en Europe. Ses activités se focalisent sur la catéchèse, la formation théologique, le rôle des Églises du Sud face aux migrations et la mutualisation des ressources pour renforcer présence des Églises dans les médias et sur Internet[1].
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