Le comté a été fondé le sous le nom de Comté de Baker (Baker County), en l'honneur d'Alfred Baker. Son siège était alors Grantville.
Les habitants lancent une pétition afin de renommer le comté. Le , les habitants acceptent la proposition Comté de Chilton. On ne sait pas quand le siège du comté a été déplacé.
Géographique
Lors du recensement de 2000, le comté avait une superficie totale de 1 815,0 km2, dont 1 797,4 km2 de terre (99,03 %) et 17,6 km2 d'eau (0,97 %).