Des sites archéologiques y ont été mis au jour indiquant que la région était habitée depuis la période glaciaire par les indigènes. L'endroit a été occupé ensuite par les chasseurs européens et commerçants de fourrure pendant tout le dix-neuvième siècle. Pendant la Seconde Guerre mondiale, Cold Bay a été le site de la base aérienne militaire (Fort Randall devenu par la suite Aéroport de Cold Bay). À cette époque, l'aéroport était le plus important de l'état d'Alaska.
À cause de cet aéroport, Cold Bay est resté un important centre régional de transport aérien, aussi bien pour l'aviation commerciale que pour les déplacements privés. Il s'y trouve aussi des dépôts de carburant pour l'industrie de la pêche, ainsi que des magasins de fournitures pour toutes les activités locales.