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Le Club Deportivo Victoria est fondé le à La Ceiba sous le nom d'Institut Manuel Bonilla, par le Hongrois Francisco Detari Olah.
Le club remporte son premier titre national en 1947 en battant Motagua 3-2. 47 ans plus tard, en 1994-1995, le club est sacré champion du Honduras en battant le Club Deportivo Olimpia en finale aller-retour.