James Hamilton Margaret Hamilton (d) Sir Claud Hamilton (d) Henry Hamilton (d) Alexander Hamilton (d) Frederick Hamilton (en) Sir George Hamilton (d) Margaret Hamilton (d) Sir John Hamilton (d)
De retour en Écosse en 1586 et se mêlant à nouveau à la politique, Hamilton cherche à réconcilier Jacques VI d’Écosse avec sa mère. Il est en communication avec Philippe II d'Espagne dans l'intérêt de Marie et de la religion catholique romaine, et ni l'échec du complot d'Anthony Babington ni même la défaite de l'Invincible Armada ne mettent fin à ces intrigues. En 1589, certaines de ses lettres sont saisies et il est brièvement emprisonné, après quoi il disparait pratiquement de la vie publique.
Hamilton, qui est créé en 1587 en tant que Lord du Parlement écossais sous le nom de Lord Paisley, devient fou durant ses dernières années. Son fils aîné est James Hamilton, 1er comte d’Abercorn.