Comme son frère aîné Nicolas, Clément Hoydonckx commence le football au plus haut niveau à Berchem Sport, dont il intègre l'équipe première en 1925. Il occupe un poste de défenseur et joue durant dix saisons pour le club, dont neuf en Division d'Honneur, le plus haut niveau national[1]. En 1935, âgé de 33 ans, il décide de partir au Herentalsche SK[2], un club qui évolue alors en Promotion, le troisième et dernier niveau national. Il y joue durant trois ans avant de mettre un terme définitif à sa carrière de joueur.